矩阵组织结构一般是指公司与机构的人员组织形式，相对于传统的树形组织结构而言。矩阵式组织(matrix organization)即“机构在机械式组织结构下，为某种特别任务，另外成立专案小组负责，此专案小组与原组织配合，在工作上有行列交叉之式，即为矩阵式组织。” 在组织结构上，它是把职能划分的部门和按产品（项目）划分的小组结合起来组成一个矩阵，一名管理人员既同原职能部门保持组织与业务上的联系，又参加项目小组的工作。职能部门是固定的组织，项目小组是临时性组织，完成任务以后就自动解散，其成员回原部门工作。矩阵管理通过将不同职能和部门的员工组织成项目团队，实现资源共享和协同工作，以提高组织的灵活性和创新能力。但项目制考核往往受到客户需求变化的影响，同时涉及复杂的项目环境，包括多个利益相关者、多变的外部条件等，又受到资源限制的影响

在与甲方单位相关人员的交流中，对项目组人员考核难的问题经常被提及。
李佳提出了矩阵式组织经常出现的问题之一就是项目负责人和职能部门负责人所拥有的权力不平衡，项目负责人往往对员工的绩效考核没有多少决策权，因此缺少对员工的激励。而对于职能部门的负责人而言，由于平时接触较少，很难真正了解员工的实际工作情况。为了解决权责不一的问题，建议由职能部门的负责人同项目负责人同时对员工进行考核，以增强项目负责人对项目成员的激励作用。
夏凡、贾建国等人从矩阵式组织结构的特点及其绩效管理存在的问题出发，提出了一种主要适用于矩阵式组织的绩效考核体系，在该体系中，通过对工作业绩、综合素质和职业发展对员工进行考核，由项目经理队工作业绩进行考核；由职能部门负责人对专业技能，职业素质和通用的知识等综合素质进行考核；职业发展则是上述两个指标的总结，可作为对员工职位晋升的重要参考指标。 
邓焰林、刘俊提出了矩阵型组织中，对知识型员工的绩效考核指标体系方案，包括在绩效考核上由单纯的对结果进行考核的转向对结果、行为和个体特质的考核，并综合运用结果和行为类的指标；要能够兼顾到团队绩效和个人绩效，加强员工对整个团队绩效的使命感，避免过度竞争导致的不合作状况。通过对矩阵型组织绩效考核相关文献的分析，可以看出在矩阵型组织中项目负责人和职能部门负责人的权责不平衡问题是普遍存在的问题，尤其是当项目在外地时，这种情况更为明显。因此，厘清职能经理和项目经理在绩效考核中应该承担的责任是矩阵型组织的绩效考核的重要内容。其中，在项目人员绩效考核方面，多个学者都提出了由职能经理和项目经理同时进行考核，但考核的侧重点不完全一致，因此在具体考核内容和权重上还需要结合企业的实际情况加以确定。
较常见的项目制考核会对项目从规模、难度、项目战略度进行评级，确定奖金基数，根据项目的进度和完成质量对项目进行考核、区分角色系数和个人考核系数等步骤。